Programi Drugog mora razvili su se od niza pojedinačnih projekata koji su 2005. godine objedinjeni u tri programa: Pogled u svijet , Molekula , Tranzicija na periferiji i jedan projekt Mediteranske igre .
Programi i projekti fokusirani su na predstavljanje suvremenih umjetničkih praksi i teorija i obuhvaćaju područja filmske, kazalisne, likovne i glazbene kulture, teorije i obrazovanja u području kulture, promisljanja specifičnih tema kroz umjetničke prakse te diseminacije informacija. Važan segment djelovanja čine i sve aktivnosti vezane uz segment javnih politika.
Područje djelovanja kroz programe i projekte je sljedeće:
